تحظى منطقة تبوك بمكانة تاريخية مرموقة منذ القدم؛ نظراً لموقعها الجغرافي المميز وتنوّعها الطبيعي ووقوعها على الساحل، وهذا ساعد على تنوع الحضارات قديماً فيها.
وقد سكنها الإنسان منذ عدة قرون قبل الميلاد وهذا يظهر في الآثار التي وجدت في تيماء ومحافظات البدع وضباء وأملج، والتي تشير إلى حضارة ما بين النهرين، وكان للعصور الإسلامية دور في بناء المساجد والقلاع بتبوك.
وارتبطت المرحلة التاريخية التي يمثلها مسجد تبوك في المنطقة بالأحداث التي رافقت غزوة تبوك، عندما اتجه الرسول صلى الله عليه وسلم إلى تبوك مع جيشه الذي سمي جيش العسرة بسبب مشقة الطريق، حيثُ وقعت الأحداث في السنة التاسعة من الهجرة لملاقاة جيش الروم آنذاك؛ ويعد المسجد واحداً من أبرز معالم المنطقة وأشهر مساجدها، كما يسترجع المسجد ذكريات تلك الأحداث التي شهدت آخر الغزوات النبوية.
وقال الباحث عبدالله العمراني، إن هذا المسجد هو الذي اختطه النبي صلى الله عليه وسلم بيده الشريفة أثناء غزوة تبوك في السنة التاسعة من الهجرة، وأقام فيه الصلاة لمدة 20 يوما هو وصحابته رضوان الله عليهم، الذي بلغ عددهم أكثر من 30 ألف صحابي.
وأضاف أن المسجد يطلق عليه عدة مسميات، بينها “مسجد رسول الله، ومسجد التوبة، والمسجد الأثري، ومسجد تبوك، وجامع تبوك، وجامع البلدة، وأيضاً الجامع الكبير”.
وأوضح الباحث العمراني أن الملك فيصل بن عبدالعزيز زار مدينة تبوك في عصر يوم الإثنين الموافق 27 – 8 – 1393 هـ ، وحضر احتفال أهالي المدينة، وسمع من المسؤولين بأن هناك مسجدا ينسب للنبي صلى الله عليه وسلم، في وسط تبوك، فأبدى رغبته بزيارة هذا المسجد، وصلى به ركعتين واستشعر روحانية المكان حيث أمر بتجديده.
وبيّن أن أول بناء للمسجد كان في عهد الخلفية الأموي عمر بن عبد العزيز، حيث كان بناؤه من الطين وسعف النخل للسقف والحجارة المنقوشة، مضيفا أن المسجد يقع في منطقة وسط البلدة القديمة، وبالقرب من قلعة تبوك، وعلى امتداد أشهر أسواق المدينة وهو سوق الجادة أو جادة فهد بن سلطان، كما يقع قرب طريق الأمير فهد بن سلطان، وطريق عثمان بن عفان وتمت إضافة ما حوله من فناء كما تم دفن البئر المجاورة له.